Území Mašovické střelnice bylo do 50. let minulého století součástí běžné zemědělské krajiny. Střelnice zde vznikla v souvislosti s umístěním 9. motostřeleckého pluku do Znojma v roce 1958. Zatímco ženijní výcvik a taktický výcvik s těžkou technikou probíhal ve Znojmě na cvičišti na Kraví hoře a později na Načeratickém kopci, zde probíhal výcvik střelby, a to ze všech zbraní tanku a bojových vozidel pěchoty (BVP). Dále zde probíhal výcvik v odpalu pancéřových pěstí a v házení granátů. Protože při střelbě se vozidla pohybují po speciálně vytvořených, zpevněných drahách a používají pouze nedetonující střelivo menších ráží, spočíval vliv činnosti armády pouze v disturbancích spojených s dopadem projektilů, úpravou valů a občasnými požáry. Vlastní plocha byla rovněž zbavována případných náletových křovin. Část luk byla rovněž kosena na seno, a to i po ukončení působení armády. Výcvik střelby z těžké techniky skončil v roce 1992, do roku 1997 zde ještě probíhal výcvik střelby z pěchotních zbraní.

Na rozdíl od většiny ostatních vojenských cvičišť, neleželo toto území po odchodu armády dlouho ladem. Protože Mašovická střelnici leží v ochranném pásmu Národního parku Podyjí (NP Podyjí), ujala se Správa péče o toto území záhy po opuštění vojáky. V roce 2009 bylo území vyhlášeno evropsky významnou lokalitou.